歴史地理学会は，1958年4月29日に日本大学における第1回総会学術大会を学会として正式に発足しました。当初は日本歴史地理学研究会と称しましたが，発展するにともなって，歴史地理学会と改称しました。
当初は，「歴史地理学紀要」と「会員通信」を刊行しましたが1966年に会則を改めて歴史地理学会と名称を変更するとともに会務を運営する役員構成を改めました。また「会員通信」は1974年春に「歴史地理学会会報」と改め、さらに1980年春には「歴史地理学」と会誌名を変更しています。
会報には総会･大会･例会の案内･報告などととも，1975年春から，論説･研究ノート等が掲載されるようになって学術誌として充実した内容となったため，大会の共同課題･シンポジウムを中心に編集してきた紀要を，会誌に吸収し統合することになりました。
したがって1991年からは会誌「歴史地理学」を年５回定期的に刊行し，うち1号を大会の共同課題ないしシンポジウム特集号にあて，2017年から年4回の発行体制になり現在に至っています。なお「歴史地理学」は1994年1月から通算号数と刊号を併用するようになった。